通勤手当は「会社から支給される手当だから、すべて非課税」とは限りません。通勤方法や距離、支給額によっては課税対象となり、給与計算や源泉徴収にも影響します。特に2026年4月からはマイカー通勤者の非課税限度額が改正されています。この記事では、通勤手当の課税・非課税の基本から、非課税限度額、マイカー通勤時の注意点、給与計算のポイントまで解説します。
通勤手当は原則課税だが、一定額までは非課税
通勤手当は、給与とは別に支給される手当ですが、原則として給与所得に該当します。ただし、通勤のために通常必要と認められる範囲内で、所得税法上定められた非課税限度額以下であれば、所得税は課税されません。
つまり「通勤手当＝非課税」ではなく、「一定の条件を満たす通勤手当＝非課税」と考えることが重要です。
例えば、電車やバスを利用する場合は、最も経済的かつ合理的な経路・方法による運賃等が非課税の対象となります。ただし、1か月15万円が上限です。
通勤手当は支給額だけでなく、通勤方法と限度額を確認して課税・非課税を区分することが給与計算の基本です。
非課税限度額を超えた部分は給与として課税
通勤手当が非課税限度額を超えた場合、超過部分は給与として所得税の課税対象になります。
例えば、電車通勤で合理的な通勤定期代が月10万円であれば、原則として10万円までが非課税です。一方、月16万円を支給した場合は、上限15万円を超える1万円が給与として課税されます。超過部分は、通勤手当を支給した月の給与に上乗せして源泉徴収します。
2026年4月から通勤手当の非課税限度額が変わった
2026年4月1日以後に支払われるべき通勤手当について、マイカーや自転車などの交通用具を使用する場合の非課税限度額が改正されました。
今回の改正では、片道65km以上の区分が新設・引き上げとなったほか、一定の駐車場を利用している場合には、駐車場料金相当額を月5,000円まで加算できるようになっています。
2026年4月以降はマイカー通勤の制度が変わっているため、給与計算ソフトの設定を一度確認しておくことをおすすめします。
マイカー通勤の非課税限度額
2026年4月1日以後の1か月当たりの非課税限度額は、次のとおりです。
| 片道の通勤距離 | 非課税限度額（月額） |
|---|---|
| 2km未満 | 全額課税 |
| 2km以上10km未満 | 4,200円 |
| 10km以上15km未満 | 7,300円 |
| 15km以上25km未満 | 13,500円 |
| 25km以上35km未満 | 19,700円 |
| 35km以上45km未満 | 25,900円 |
| 45km以上55km未満 | 32,300円 |
| 55km以上65km未満 | 38,700円 |
| 65km以上75km未満 | 45,700円 |
| 75km以上85km未満 | 52,700円 |
| 85km以上95km未満 | 59,600円 |
| 95km以上 | 66,400円 |
例えば片道20kmの従業員に月15,000円の通勤手当を支給する場合、13,500円までが非課税で、差額の1,500円は給与として課税されます。
電車・バス通勤は「合理的な経路」がポイント
電車やバスなどの公共交通機関を利用する場合、非課税限度額は「最も経済的かつ合理的な経路および方法」による通勤定期券などの金額です。
2026年現在、非課税限度額は月15万円です。会社が従業員の希望だけを理由に、通常より高額な経路の通勤費を支給している場合、その全額が非課税になるとは限りません。
新幹線や特急の利用にも注意
新幹線や特急列車についても、通勤方法・経路が最も経済的かつ合理的と認められる場合には、運賃等を非課税の通勤手当に含められます。
一方、グリーン料金は、最も経済的かつ合理的な通勤経路・方法のための料金とは認められず、非課税の対象には含められません。
マイカー通勤では駐車場代も確認
2026年4月以降、一定の要件を満たす駐車場等を利用し、その料金を負担することを常例とする従業員については、通勤距離に応じた非課税限度額に駐車場料金相当額を加算できます。
加算できる金額には月5,000円の上限があります。また、対象となる駐車場は、勤務先の周辺や、通勤に利用する駅・停留所などの周辺にあるものとされています。
例えば月5,000円の駐車場を利用する場合
片道20kmのマイカー通勤であれば、通常の非課税限度額は月13,500円です。
一定の要件を満たす駐車場を月5,000円負担している場合には、13,500円＋5,000円＝18,500円までが非課税限度額となります。
ただし、駐車場であれば無条件に加算できるわけではないため、給与計算を行う際には駐車場の場所や利用実態なども確認しましょう。
（参考）No.2585 マイカー・自転車通勤者の通勤手当｜国税庁
通勤手当の給与計算で注意したい3つのポイント
通勤手当の課税・非課税を正しく処理するためには、毎月の給与計算だけでなく、従業員の通勤経路や距離に変更がないかを確認することが重要です。
特に2026年は制度改正が行われているため、給与計算の設定を過去のままにしている場合は注意が必要です。
① 通勤距離・経路の変更を確認する
マイカー通勤の場合、非課税限度額は片道の通勤距離によって決まります。
例えば、引っ越しなどによって片道の通勤距離が10kmから20kmに変われば、非課税限度額も月7,300円から13,500円へ変わります。通勤経路の変更があった場合は、給与計算の登録情報も更新しましょう。
② 非課税額と課税額を分けて処理する
月額の通勤手当が非課税限度額を超える場合、超過分を給与として課税する必要があります。
例えば非課税限度額が13,500円で、通勤手当を月20,000円支給するなら、13,500円を非課税、6,500円を課税対象として処理します。
この区分を誤ると、源泉所得税の計算にも影響するため、給与計算システムの設定を確認しておくことが大切です。
③ パート・アルバイトも月額で判定する
パートやアルバイトなど、勤務日数が少ない従業員であっても、通勤手当の非課税限度額は原則として日割りではなく月額で判定します。
例えば月5日勤務のアルバイトに通勤手当を支給する場合でも、非課税限度額そのものを5日分に割り戻して判定するわけではありません。
通勤経路や距離が変わった従業員を見落とすと課税額を誤るため、変更届と給与計算を連動させる仕組みが重要です。
通勤手当の給与計算を効率化するには給与計算代行も選択肢
通勤手当は一見すると単純な手当ですが、電車・バス・マイカーなど通勤方法によって非課税限度額が異なります。さらに、2026年4月からはマイカー通勤に関する非課税限度額の改正も行われています。
従業員数が増え、通勤経路や手当の変更が頻繁になる場合は、給与計算担当者の負担も大きくなります。
そのような場合には、給与計算代行を活用して、毎月の給与計算だけでなく、通勤手当の課税・非課税区分の確認や制度改正への対応を含めて業務を整理する方法があります。
給与計算のミスを防ぐにはルールの明確化が重要
通勤手当を適切に処理するには、「誰にいくら支給するか」だけでなく、「どの条件なら非課税になるか」を社内ルールとして明確にしておくことが重要です。
特にマイカー通勤では、通勤距離、駐車場の有無、有料道路の利用などによって計算方法が変わります。給与計算代行を検討する場合も、こうした条件を整理したうえで委託範囲を決めると、業務の効率化につながります。
通勤手当の課税判断を見直すなら早めの確認を
通勤手当は、非課税限度額の範囲内であれば所得税が課税されませんが、限度額を超えた部分は給与として課税されます。
2026年4月からは、マイカー通勤について片道65km以上の区分が設けられ、一定の駐車場料金を加算できる制度も始まっています。
給与計算を担当している場合は、①通勤方法、②片道距離、③支給額、④駐車場・有料道路の利用状況の4点を確認し、現在の設定が最新の制度に対応しているかをチェックしましょう。
よくある質問
Q. 通勤手当はすべて非課税ですか？
A. いいえ。通勤手当は原則として給与所得に該当しますが、通勤方法や距離などに応じた非課税限度額以下であれば、所得税は課税されません。限度額を超えた部分は給与として課税されます。
Q. 電車・バス通勤の非課税限度額はいくらですか？
A. 最も経済的かつ合理的な経路および方法による通勤定期券などの金額が対象となり、2026年現在の非課税限度額は月15万円です。
Q. 2026年4月からマイカー通勤の非課税限度額は変わりましたか？
A. はい。2026年4月1日以後に支払われるべき通勤手当について、交通用具を使用する場合の非課税限度額が改正され、片道65km以上の区分などが設けられています。
Q. マイカー通勤の駐車場代は非課税限度額に加算できますか？
A. 一定の要件を満たす駐車場等を利用している場合、通勤距離に応じた非課税限度額に駐車場料金相当額を加算できます。加算額には月5,000円の上限があります。
Q. パート・アルバイトの通勤手当は日割りで非課税限度額を計算しますか？
A. 原則として、通勤手当の非課税限度額は日割りではなく月額で判定します。勤務日数が少ないパート・アルバイトであっても、限度額そのものを勤務日数に応じて割り戻して判定するわけではありません。
まとめ
通勤手当は、通勤方法や距離、支給額などによって課税・非課税の取り扱いが異なるため、給与計算時には条件を正しく確認することが重要です。
- 非課税限度額を確認：通勤手当は一定の条件と限度額の範囲内で非課税となり、超過部分は給与として課税されます。
- 2026年4月の改正に対応：マイカー通勤では非課税限度額が改正され、一定の駐車場料金を加算できる制度も設けられています。
- 給与計算の設定を見直す：通勤方法・片道距離・支給額・駐車場や有料道路の利用状況を確認し、最新の制度に対応させることが大切です。
通勤経路や距離の変更を適切に把握し、課税・非課税を正しく区分する仕組みを整えておきましょう。
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