インボイス制度の対応事項解説｜売り手・買い手の対応

インボイス制度が2023年10月1日に開始されてから、まもなく3年が経過します。制度開始当初は「インボイスを発行するにはどうすればよいか」「取引先がインボイス発行事業者か確認すべきか」といった準備が中心でした。しかし、2026年現在は、インボイス制度への対応を一度確認して終わりではありません。特に重要なのが、2026年9月30日を含む課税期間で「2割特例」が終了することです。さらに、2026年10月1日からは、免税事業者などインボイス発行事業者以外からの仕入れについて、仕入税額控除の経過措置が80％控除から70％控除へ変更されます。そのため、2026年は、売り手・買い手双方のインボイス対応や、2割特例終了後の申告方法、免税事業者からの仕入れに関する処理を見直す重要なタイミングです。本記事では、2026年時点の運用実態と今後の経過措置を踏まえ、売り手・買い手それぞれの対応事項をわかりやすく解説します。

この記事のポイント

• 売り手側の対応：インボイスの発行・保存・登録状況を確認します。
• 買い手側の対応：受け取ったインボイスの確認・保存と仕入税額控除の判定を行います。
• 2026年以降の変更：2割特例の終了や、免税事業者等からの仕入れに対する控除割合の変更に備えます。

インボイス制度とは

インボイス制度とは、正式には「適格請求書等保存方式」と呼ばれる、消費税の仕入税額控除に関する制度です。

2023年10月1日から開始され、原則として、仕入税額控除を受けるためには、一定の事項が記載された適格請求書（インボイス）と帳簿の保存が必要となりました。

（参考）国税庁「適格請求書等保存方式（いわゆる『インボイス制度』）」

インボイスを発行できるのは、税務署に登録した適格請求書発行事業者です。

適格請求書発行事業者として登録すると、原則として課税事業者となり、消費税の申告・納税が必要になります。

（参考）国税庁「適格請求書等保存方式（いわゆる『インボイス制度』）」

インボイス制度で重要なのは「売り手」と「買い手」の両方

インボイス制度では、売り手と買い手で必要な対応が異なります。

つまり、単純に「請求書のフォーマットを変更すれば終わり」という制度ではありません。

2026年のインボイス制度で何が変わる？

2026年に特に注意したいのが、2割特例の終了と仕入税額控除の経過措置の変更です。

2割特例は2026年9月30日を含む課税期間で終了

2割特例は、インボイス制度への登録をきっかけに免税事業者から課税事業者となった事業者を対象に、納付税額を売上税額の2割とすることができる制度です。

適用できるのは、2026年9月30日までの日の属する課税期間です。

（参考）国税庁「2割特例（インボイス発行事業者となる小規模事業者に対する負担軽減措置）の概要」

したがって、2割特例を利用してきた事業者は、2026年以降、「2割特例が終わった後、消費税をどう計算するか」を検討する必要があります。

個人事業者には2027年・2028年分の「3割特例」

2026年度税制改正では、2割特例終了後の負担軽減措置として、一定の個人事業者を対象に3割特例が設けられました。

対象となるのは、インボイス発行事業者の登録を受けたことで免税事業者から課税事業者となった個人事業者などで、一定の要件を満たす場合です。

令和9年分・令和10年分、つまり2027年分・2028年分の申告について、納付税額を売上税額の3割とすることができます。

（参考）国税庁「令和8年度税制改正特集」

一方、法人にはこの3割特例はありません。

そのため、法人の場合は2割特例終了後の消費税申告について、一般課税または簡易課税などを検討する必要があります。

インボイス制度の経過措置スケジュール

2026年以降の実務では、以下のスケジュールを押さえておくことが重要です。

（参考）国税庁「令和8年度 税制改正特集」

2026年10月から「80％→70％」へ

特に買い手側が注意したいのが、2026年10月1日からの変更です。

これまで、免税事業者などインボイス発行事業者以外からの課税仕入れについては、一定の要件を満たせば仕入税額相当額の80％を控除できました。

しかし、2026年10月1日からは控除可能割合が70％になります。

（参考）国税庁「令和8年10月1日からのインボイス制度に関するお知らせ」

さらに、70％ → 50％ → 30％ → 0％と段階的に縮小していきます。

経過措置のイメージ

1. 2023年10月：インボイス制度開始
2. 2026年9月30日まで：80％控除
3. 2026年10月1日～2028年9月30日：70％控除
4. 2028年10月1日～2030年9月30日：50％控除
5. 2030年10月1日～2031年9月30日：30％控除
6. 2031年10月1日以降：原則として控除不可

なお、この経過措置を利用する場合には、一定事項が記載された請求書等の保存に加え、経過措置の適用を受ける旨を記載した帳簿の保存が必要です。

（参考）国税庁「令和8年度 税制改正特集」

売り手側のインボイス制度対応

ここからは、売り手側が実務で行うべき対応を確認します。

適格請求書発行事業者の登録状況を確認する

まず、自社が適格請求書発行事業者として登録されているか確認します。

登録を受けている場合、取引先から求められたときは原則としてインボイスを交付する必要があります。また、交付したインボイスの写し等を保存する必要があります。

（参考）国税庁「適格請求書等保存方式（いわゆる『インボイス制度』）」

請求書の記載内容を確認する

インボイスには、通常の請求書とは異なり、一定の事項を記載する必要があります。

代表的な項目は、以下のとおりです。

• 適格請求書発行事業者の氏名・名称：発行事業者の名称等を記載します。
• 登録番号：適格請求書発行事業者の登録番号を記載します。
• 取引年月日：取引を行った年月日を記載します。
• 取引内容：取引内容を記載します。
• 税率ごとの対価の額：税率ごとに区分して記載します。
• 税率ごとの消費税額等：税率ごとの消費税額等を記載します。
• 適用税率：適用される税率を記載します。
• 書類の交付を受ける事業者の氏名・名称：取引先の氏名・名称を記載します。

請求書発行システムを利用している場合でも、登録番号や税率ごとの消費税額が正しく表示されているか定期的に確認しましょう。

登録番号を変更・取消した場合の管理

インボイス制度では、登録番号そのものの管理も重要です。

特に、以下のような場合には、請求書発行システムや取引先への案内も含めて確認が必要です。

• 法人の組織再編：登録内容や請求書発行体制を確認します。
• 事業承継：登録状況を確認します。
• 個人事業から法人化：登録状況や請求書の表示を見直します。
• 登録の取消し：取引先への案内や発行体制を確認します。
• 登録内容の変更：請求書発行システム等を更新します。

インボイスの保存体制を整える

売り手は、交付したインボイスの写し等を保存する必要があります。

紙で発行している場合は紙で管理する方法もありますが、請求書発行システムやクラウド会計を利用している場合は、電子データでの管理まで含めて保存方法を整理しておくと効率的です。

買い手側のインボイス制度対応

買い手側では、売り手以上に「受け取った請求書をどう処理するか」が重要になります。

受け取った請求書がインボイスか確認する

請求書を受け取ったら、以下の項目を確認します。

1. 登録番号が記載されているか
2. 登録番号が正しいか
3. 税率ごとの金額・消費税額が適切か
4. 必要な記載事項があるか
5. 仕入税額控除の対象となる取引か

取引先の登録状況を確認する

取引先が「インボイス発行事業者」と名乗っていても、登録番号などを確認することが重要です。

国税庁の「適格請求書発行事業者公表サイト」では、登録番号などを検索できます。

（参考）国税庁「よくある質問｜適格請求書発行事業者公表サイト」

（参考）国税庁「適格請求書発行事業者公表サイト」

免税事業者から仕入れた場合は控除割合を確認する

ここが2026年以降、特に重要です。

取引先がインボイス発行事業者ではない場合、「仕入税額控除ができるか、できるなら何％できるか」を判断します。

2026年10月以降は、原則として経過措置による70％控除が適用される期間です。

さらに2028年10月から50％、2030年10月から30％へと控除割合が下がるため、取引先の登録状況を継続的に管理することが重要になります。

（参考）国税庁「インボイス制度に関する令和8年度税制改正について」

2割特例終了後はどうする？

2割特例を利用している事業者にとって、2026年は大きな分岐点です。

2割特例終了後の選択肢

大きく分けると、以下の方法を検討することになります。

• 一般課税：実際の仕入れに基づいて仕入税額控除を計算します。
• 簡易課税：一定の要件を満たす場合に、みなし仕入率を使って納付税額を計算します。
• 個人事業者の場合は3割特例：一定の要件を満たす個人事業者は、2027年分・2028年分について検討できます。

2割特例終了後の判断イメージ

1. 2割特例を利用しているか確認する
2. 2026年9月30日を含む課税期間で終了することを確認する
3. 自社が個人事業者か法人かを確認する
4. 個人事業者の場合は3割特例の対象か確認する
5. 一般課税・簡易課税を含めて実際の仕入状況、事務負担、納税額を比較する

個人事業者の場合、一定の要件を満たせば2027年・2028年分について3割特例を利用できます。

（参考）国税庁「令和8年度税制改正特集」

一方、法人は3割特例の対象ではないため、早めに一般課税と簡易課税のどちらが自社に適しているか検討することが重要です。

免税事業者から仕入れる場合の対応

2026年10月以降、買い手側で注意したいのが、免税事業者などからの仕入れです。

2026年10月から70％控除

例えば、インボイス発行事業者ではない取引先から課税仕入れを行った場合、一定の要件を満たせば、2026年10月1日から2028年9月30日までの期間は仕入税額相当額の70％を控除できます。

（参考）国税庁「インボイス制度に関する令和8年度税制改正について」

そのため、経理担当者は単純に、

「インボイスがない＝仕入税額控除ゼロ」

と処理するのではなく、経過措置の適用可否を確認する必要があります。

取引先管理も重要になる

今後は、取引先を以下のように管理すると、処理ミスを防ぎやすくなります。

インボイスHub｜実務で確認すべきポイント

2026年のインボイス対応では、制度を「知っている」だけではなく、日々の経理処理に落とし込むことが重要です。

そこで、自社の実務を確認するための「インボイスHub」として、次の5つをチェックしておきましょう。

インボイスHub①｜売り手対応

• 登録番号：請求書に正しく記載しているか確認します。
• 税率ごとの消費税額：正しく計算しているか確認します。
• インボイスの写し：適切に保存しているか確認します。
• 返還インボイス：必要な場合に対応できるか確認します。

インボイスHub②｜買い手対応

• 請求書の確認：受け取った請求書を確認しているか確認します。
• 登録番号：登録番号を確認しているか確認します。
• 仕入税額控除：控除の可否を判定しているか確認します。
• 帳簿・請求書：必要な帳簿・請求書を保存しているか確認します。

インボイスHub③｜取引先管理

特に2026年以降は、「取引先がインボイス発行事業者かどうか」を管理することが重要です。

登録状況が変われば、仕入税額控除の計算にも影響する可能性があります。

インボイスHub④｜経過措置管理

免税事業者等との取引について、80％ → 70％ → 50％ → 30％ → 0％というスケジュールを経理担当者が把握しておきましょう。

インボイスHub⑤｜2割特例終了後の申告方法

2割特例を利用している場合は、以下の点を早めに確認しましょう。

• 個人事業者か：3割特例の対象となる可能性を確認します。
• 法人か：3割特例の対象外であることを確認します。
• 3割特例の対象となるか：個人事業者は要件を確認します。
• 簡易課税を選択するか：自社の状況に応じて検討します。
• 一般課税を選択するか：実際の仕入状況等を踏まえて検討します。

インボイス制度の売り手・買い手別FAQ

売り手向けFAQ

（参考）国税庁「令和8年度税制改正特集」

まとめ｜2026年はインボイス制度の「運用見直し」が必要

インボイス制度は2023年10月に始まりましたが、2026年現在は「制度開始への対応」から「制度を継続して正しく運用する段階」へ移っています。

特に2026年は、以下のような大きな変化があります。

• 2割特例が終了：2026年9月30日を含む課税期間で2割特例が終了します。
• 一定の個人事業者は3割特例へ：要件を満たす個人事業者は2027年分・2028年分について3割特例を検討できます。
• 免税事業者等からの仕入れに対する控除が変更：2026年10月1日から70％控除となり、その後50％、30％へ段階的に縮小します。
• 取引先管理が重要に：取引先のインボイス登録状況を継続的に確認する必要があります。

（参考）国税庁「令和8年度税制改正特集」

したがって、今後は「インボイスを発行できるようにする」だけでは不十分です。

売り手・買い手双方の処理方法、取引先の登録状況、経過措置、消費税の申告方法まで含めて、自社の経理体制を見直すことが重要です。

特に2割特例を利用している事業者は、特例終了後の申告方法によって納税額や事務負担が変わる可能性があります。

「どの制度を選択すればよいかわからない」「取引先が免税事業者の場合の処理が不安」「インボイス対応を経理担当者だけで行うのが難しい」といった場合は、早めに専門家へ相談し、自社に合った運用体制を整えておきましょう。

制度の最新情報は、国税庁のインボイス制度特設サイト・FAQで確認できます。2026年度税制改正についても、2割特例終了、3割特例、7・5・3割控除などが整理されています。

（参考）国税庁「インボイス制度に関するQ＆A目次一覧」

※本記事は2026年9月時点の制度情報をもとにした構成案です。実際の適用関係は、事業者の課税状況・課税期間・取引内容等によって異なる場合があります。

• 2026年は運用の見直しが重要：制度開始時の準備だけでなく、現在の経理処理を点検しましょう。
• 経過措置を把握する：2割特例の終了や70％・50％・30％控除への移行を確認しましょう。
• 自社に合った申告方法を検討する：個人事業者は3割特例、一般課税、簡易課税などを比較し、法人は一般課税・簡易課税などを検討しましょう。

インボイス制度への対応は、請求書の確認だけでなく、取引先管理や消費税申告まで含めた経理体制全体の見直しにつなげることが大切です。

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