クリニックの経理代行費用相場と失敗しない選び方

クリニックの経理代行を検討するとき、「月額いくらが相場なのか」「記帳だけでなく給与計算や請求管理まで任せるといくらかかるのか」と悩む院長も多いでしょう。2026年の公開料金を見ると、記帳代行のみなら月5,000円～3万円程度、経理業務を広く外注する場合は月5万～30万円程度まで幅があります。この記事では、2026年最新の公開情報をもとに、クリニックの経理代行費用を業務別・料金帯別に比較します。

この記事でわかること

• 2026年のクリニック・経理代行費用の相場：記帳・給与計算・請求管理などの料金目安がわかります。
• 業務別の料金目安：記帳から経理業務全般まで、依頼範囲ごとの費用を比較できます。
• 経理代行を選ぶポイント：追加料金や医療機関への対応など、契約前の確認事項がわかります。

クリニックの経理代行費用相場は月1万～15万円程度が目安

クリニックの経理代行費用は、依頼する業務範囲や月間の仕訳数、従業員数によって大きく変わります。

2026年に公開されている経理代行の料金情報では、記帳代行のみなら月5,000円～3万円程度、記帳に加えて請求・支払などを依頼する場合は月5万～10万円程度、給与計算や月次レポートまで含めると月10万～20万円程度が目安とされています。

また、経理業務全般を外部へ委託する場合には、月10万～30万円程度という相場も示されています。

ただし、これらは一般的な経理代行の相場です。クリニックでは診療報酬や医療機器、給与などの処理があるため、「一般企業の経理代行相場＝クリニックの料金」と考えないことが重要です。

2026年最新・料金相場比較表

※上記は2026年に公開されている経理・記帳代行サービスの料金情報をもとに整理した目安です。クリニック特有の業務、仕訳数、従業員数、資料の整理状況などによって実際の料金は変わります。

（参考）Iroae税理士事務所「経理アウトソーシング・記帳代行の費用」

税理士からのひとこと

筒井 彰英（税理士）

経理代行は月額料金だけで比較せず、仕訳数・給与計算・決算・年末調整などを含めた年間総額で判断することが重要です。

【2026年最新版】記帳代行だけなら月5,000円～3万円程度

記帳代行とは、領収書・通帳・クレジットカード明細などをもとに、会計ソフトへ仕訳を入力して帳簿を作成する業務です。

2026年の公開料金では、月100仕訳程度までを5,000円～15,000円程度としているサービスが確認できます。

一方、税理士事務所などへ依頼する場合は、月5,000円～5万円程度まで幅があります。

仕訳数によって料金は変わる

記帳代行では、月間の仕訳数が料金を左右する重要な要素です。

実際の料金体系は事業者によって異なるため、仕訳数だけでなく「資料整理」「残高確認」「月次報告」などが含まれるか確認する必要があります。

（参考）月次入力パートナー「記帳代行の料金相場」

クリニックでは「記帳代行」と「経理代行」を区別する

経理を外注するときに注意したいのが、記帳代行と経理代行は同じではないという点です。

記帳代行は主に仕訳入力・帳簿作成を行います。

一方、経理代行では、請求書発行、入金管理、支払管理、給与計算、月次決算補助など、より広い業務を依頼できます。

※税務申告など税理士の資格が必要な業務は、税理士への依頼が必要です。

そのため、「経理を外注したい」という場合は、まずどこからどこまで任せたいのかを整理することが大切です。

（参考）Dr.Wallet BPO「記帳代行の料金相場」

クリニックの経理代行費用を左右する5つのポイント

同じ「経理代行」でも、クリニックによって料金は大きく変わります。

主に次の5項目が料金を左右します。

1. 月間の仕訳数
2. 従業員数
3. 給与計算の有無
4. 請求・支払管理の有無
5. 資料整理の状態

①月間の仕訳数

取引件数が多いほど仕訳入力の作業量が増えます。特に、月50件程度の小規模なクリニックと月300件以上の取引があるクリニックでは、必要な作業量が大きく異なります。

②従業員数

給与計算を依頼する場合は、スタッフ数も料金に影響します。2026年の公開情報では、給与計算は基本料金に加えて従業員1人あたり月1,000～2,000円程度という料金例があります。

③資料が整理されているか

領収書や通帳などの資料を整理した状態で渡せるかどうかも重要です。資料が整理されておらず、仕訳入力前に資料整理が必要な場合は、追加料金が発生するケースがあります。

（参考）Iroae税理士事務所「経理アウトソーシング・記帳代行の費用」

クリニックの経理代行では「追加料金」を必ず確認する

月額料金だけを見て契約すると、後から想定外の費用が発生する可能性があります。

見積もりでは、最低でも次の5項目を確認しましょう。

特に「月額○万円～」という表示だけでは、実際に必要となる年間費用は判断できません。

月額料金×12か月＋初期費用＋決算料＋年末調整などの追加費用まで確認しましょう。

クリニックの経理代行を選ぶときの5つのチェックポイント

①医療機関の経理に対応できるか

クリニックでは、一般企業とは異なる診療報酬関連の会計処理があります。そのため、単に「記帳代行ができるか」ではなく、医療機関の経理に対応できるかを確認しましょう。

②どこまで丸投げできるか

「記帳だけ」なのか、「給与・請求・支払・月次管理」まで任せられるのかによって、経理担当者の負担は大きく変わります。契約前に業務範囲を一覧で提示してもらうと安心です。

③税理士との連携があるか

経理代行と税務申告は別の業務です。法人税・所得税などの申告や税務相談まで必要な場合は、税理士に依頼する必要があります。

④クラウド会計に対応しているか

freeeやマネーフォワードなどのクラウド会計に対応しているかも確認しましょう。銀行口座やカードなどと連携することで、手入力を減らし、経理業務の効率化につながる場合があります。

⑤3社程度で比較する

経理代行は料金体系が事業者によって異なります。そのため、可能であれば3社程度から見積もりを取り、同じ業務範囲で比較することをおすすめします。

（参考）税理士ドットコム「経理代行の相場」

税理士からのひとこと

筒井 彰英（税理士）

クリニックでは医療特有の会計処理があるため、価格だけでなく医療機関への対応経験と業務範囲を確認して選びましょう。

経理担当者を採用するより経理代行が向いているクリニックとは？

経理代行を検討するときは、外注費だけでなく採用コストとも比較しましょう。

経理担当者を採用すると、給与だけでなく社会保険料、採用費、教育費、パソコン・会計ソフトなどの費用も必要です。

一方、経理代行では必要な業務だけを外注できるため、専任担当者を置くほど業務量がないクリニックでは合理的な選択肢になる場合があります。

2026年の公開情報でも、経理代行は月数万円から、経理業務全般では月10万～30万円程度という幅で紹介されています。

「経理担当者を1人雇うほどではないが、院長やスタッフが経理を兼任するのは負担」というクリニックは、経理代行を検討する価値があります。

（参考）株式会社Wheat「経理代行の費用相場（2026年版）」

クリニックの経理代行は年間総額で比較する

例えば、次の2社があるとします。

この場合、月額だけならA社のほうが安く見えます。

しかし、年間で比較すると差は11万円です。

もちろん、業務範囲が異なる場合は単純比較できません。

重要なのは、「何が含まれた料金なのか」をそろえて年間総額で比較することです。

クリニックの経理代行に関するFAQ

Q. クリニックの経理代行はいくらかかりますか？

記帳だけなら月5,000円～3万円程度、給与計算や請求管理などを含めると月5万～15万円程度、経理業務全般を委託する場合は月10万～30万円程度が一つの目安です。ただし、クリニックでは診療報酬などの医療特有の処理があるため、最終的には業務内容を伝えて見積もりを取る必要があります。

Q. 経理代行と税理士顧問は何が違いますか？

経理代行は、記帳・請求・給与・支払などの日常的な経理実務を外注するサービスです。一方、税理士は税務相談や税務書類の作成、税務申告などを行います。両方が必要な場合は、経理代行と税理士を組み合わせる方法もあります。

Q. クリニックの経理を丸投げできますか？

可能な範囲はサービスによって異なります。記帳だけでなく、請求書発行、入金管理、給与計算、支払管理などまで対応するサービスもあります。ただし、税務申告など資格が必要な業務は、税理士への依頼が必要です。

Q. 開業したばかりのクリニックでも利用できますか？

利用できます。開業直後は取引量が少ないため、まず記帳代行だけを依頼し、スタッフ数や業務量が増えた段階で給与計算や請求管理などを追加する方法もあります。

Q. 医療法人と個人クリニックで料金は変わりますか？

必ずしも一律に料金が変わるわけではありません。ただし、医療法人では個人クリニックより会計・決算などの業務範囲が広くなる場合があるため、必要な業務量によって料金が高くなる可能性があります。

愛知のクリニック経理代行で中央経理・労務LABOが選ばれる理由

中央経理・労務LABOでは、4拠点・専門家70名超の体制で、経理・労務・資金繰りをワンストップで支援しています。

クリニックの経理では、記帳だけでなく給与計算や請求管理、資金繰りなど複数のバックオフィス業務が発生します。

そのため、一つの窓口で複数の業務を相談できる体制は、院長の事務負担を減らすうえで有効です。

また、freee・マネーフォワードなどのクラウド会計を活用した経理DXにも対応しています。

愛知県全域に対応しているため、三河・名古屋を中心に、クリニックの所在地や業務内容に応じた経理体制を検討できます。

「記帳だけ外注したい」「経理担当者が退職したので業務を引き継いでほしい」「給与計算や請求までまとめて任せたい」など、必要な範囲から相談できる点も特徴です。

2026年9月時点の相場情報について

本記事の料金相場は、2026年に公開・更新された経理代行・記帳代行サービスの料金情報をもとに整理しています。

2026年の公開情報でも、記帳代行は月5,000円～3万円程度、経理代行は業務範囲によって月数万円から30万円程度まで幅があります。

なお、「クリニックの経理代行」に限定した全国統一の公的な料金統計があるわけではありません。

そのため、本記事では一般的な経理代行・記帳代行の公開料金をベースに、クリニックで想定される業務範囲を考慮して目安を提示しています。

実際の料金は、仕訳数、スタッフ数、会計ソフト、資料整理の状況、診療報酬に関する処理、給与・請求業務の有無などによって変わります。

まとめ

クリニックの経理代行は、依頼する業務範囲や仕訳数、スタッフ数などによって料金が変わります。月額だけでなく、年間総額と業務範囲をそろえて比較することが大切です。

• 記帳代行：月5,000円～3万円程度が一つの目安です。
• 経理代行：請求・給与・支払などを含めると月5万～30万円程度まで幅があります。
• 業者選び：医療機関への対応経験、業務範囲、追加料金、年間総額を確認しましょう。

「経理をどこまで外注するか」を整理したうえで、複数の事業者から同じ条件で見積もりを取り、クリニックに合った経理体制を選びましょう。

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